（二）法律根据不同。
诉讼时效是民事法律关系当事人主张依法保护其民事权利的请求期间，来自民法的基本法。而申请劳动仲裁的时效来自于劳动法律关系方面的法律、法规。在劳动法律关系方面的纠纷，应首先适用劳动法律关系方面的法律、法规。因此，对申请劳动仲裁时效的运用，应以劳动法的相关规定为准。
（三）适用的范围和对象不一致。
诉讼时效适用于广泛的民事纠纷的诉讼案件，是民事审判活动中应当考虑的一种期间；根据当事人是否在此期间主张其民事权利的事实，来考察该当事人的民事权利是否在法律保护的时间范围。如果当事人主张其民事权利时超过了法定的诉讼时效期间，则法律不再保护其权利，即当事人丧失胜诉权。申请劳动仲裁的时效的应用范围是劳动法律关系，适用对象是劳动法律关系的当事人；是当事人之间因劳动关系发生争议时，当事人根据相关规定向劳动争议仲裁机构申请仲裁裁决的法定期间；超过此期间，仲裁机构则不再受理，也 就失去了法律保护的基础。
（四）二者的性质和期限不同。
诉讼时效是民事审判活动所适用的时效期间。申请劳动仲裁的时效是向劳动争议仲裁机构申请仲裁裁决的法定期间，属带有劳动行政性质的法律规范所适用的时效期间。
在期限上，诉讼时效又有普通时效和特殊时效之分，普通时效为两年。特殊时效方面，符合《中华人民共和国民法通则》第136条规定情形的，诉讼时效为1年。因涉外货物买卖合同争议提起诉讼或仲裁的期限为4年。我国法律所规定的最长诉讼时效为20年。而申请劳动仲裁的时效，在《劳动法》生效前，国务院发布的《中华人民共和国企业劳动争议处理条例》第23条所规定的期限是6个月；《劳动法》第82条所规定的申请劳动仲裁的时效则是60日。即自《劳动法》生效以后的申请劳动仲裁的时效为60日。因此，申请劳动仲裁的时效与诉讼时效是不同法律性质的两种时效，申请劳动仲裁的时效远比诉讼时效期间要短的多，不能混为一谈。
（五）二者的中止期限不同。
时效中止是法律所规定的，在时效进行中，因一定的法定事由而使权利人无法行使请求权，暂时停止计算时效的期间。虽然二者都存在因客观原因而中止的情形，但中止的期限却有不同之处。从《中华人民共和国民法通则》第七章的规定看，诉讼时效的中止存在于在诉讼时效期间的最后6个月内，中止的原因是因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权。从中止时效的原因消除之日起，诉讼时效期间继续计算
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。从这些规定中可以得出这样的结论，诉讼时效的中止次数可以是多次的，中止的期间是不能预先确定的。中止时间的长短应当根据具体情况而定。
申请劳动仲裁时效的中止则与诉讼时效的中止的期限不完全相同。目前申请劳动仲裁的时效是60日，中止只能在这60日内中止；法律也没有限定具体的中止期间。申请劳动仲裁时效的中止原因中，除存在因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的时效中止外，劳动部《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第89条规定，劳动争议当事人向企业劳动争议调解委员会申请调解的，从当事人提出申请之日起，仲裁申诉时效中止，企业劳动争议调解委员应当在30日内结束调解，即中止期间最多不得超过30日。结束调解之日起，当事人的申诉时效继续计算。调解超过30日的，申诉时效从30日之后的第一天继续计算。也就是说，因企业劳动争议调解委员会调解所产生的中止期间最多为30日；此种情况下申请劳动仲裁的时效应当在争议发生之日起的90日以内。
申请劳动仲裁的时效不等于诉讼时效