金鱼有它自己的学名，是世界著名分类学家林萘(Linne)定的。林萘的名著《自然系统》(1758年)，鲫鱼这个种的模式标本就是金鱼。因为指明尾鳍是三叉的和双尾的；林萘著《Fauna suecia》(1745年)，书中鲫鱼图也是双尾金鱼，林萘认为这是正常鲫鱼。林萘更早的文章——瑞典皇家科学院(1740年)第一期中，是用金鱼标本描述的Caraassius auratus(Cyprinus auratus)。所以，Carassius auratus是金鱼学名。因为先有了金鱼的学名，那么野生种类的Carassius auratus是什么鱼呢?鱼类学家公认是分布在中国各地的鲫鱼，因此金鱼和鲫鱼学名相同。
金鱼的学名除Carassius auratus外，有的学者如Kammerer还记述了许多金鱼品种的学名：
Carassius auratus var． Japonicus bicaudatus 双尾草金鱼
Carassius auratus var． Japonicus simplex 单尾草金鱼
Carassius auratus var． oviformis 蛋鱼
Carassius auratus var． macrophthalmus 龙睛
Carassius auratus var． uranoscopus 望天眼
上述几个品种金鱼的学名并没有被生物学家普遍采用，但是Carassius auratus 两个字合成的学名是全世界普遍采用的。
金鱼的种类：不同品种的金鱼的学名