大多数金鱼从孵化到成鱼体色都有所变化，有些种类到成鱼后，体色还在变化。初孵出的鱼苗体色是无色透明的，只有很少的黑色素细胞，以后色素细胞逐渐增多，头部和腹部的反光体也显现出来。鱼苗最早的体色是青灰色，孵化后约一个月，鳞片已明显，体色开始转深。大部分鱼的体色是褐色（有一小部分鱼的体色转变为淡紫色，这部分鱼以后是紫色金鱼），再由褐色变为灰色，由灰色变为黑色。变为黑色后的这群金鱼，体色变化比较复杂，它可以分化成几种颜色。例如，有的鱼在鱼体某些部位脱掉黑色后，呈淡红色，由淡红色再变为深红色；有的个体则由淡红色变为金黄色；有的个体变为深红色后，还能褪掉，却变成白色了，白色就终生不变了；有的个体身体某些部位变成红色，而身体某些部位的黑色未褪，于是就形成了黑红花的金鱼；有些黑色金鱼，身上的全部黑色不但不褪，反而更浓，变成了珍贵的墨色金鱼了。
体色发生变化的时间迟早不一，持续的时间也不一样。有的种类五六十天开始变化，有的种类几个月才开始变色；个别种类甚至一年。金鱼变色的快慢、色泽的好坏，和水温、水质、光照、营养等有关系。例如，水温高，变色快，水温低，变色慢；长期生活在浓绿色水质的金鱼，变色迟，但变色后体色特别浓艳；养在清澈水中的金鱼，变色快，但变色后的体色比较浅淡，不艳丽。长期以喂浮游动物为食物的鱼，转色较好，如果再加入其他营养物质，如加入藻类等，对金鱼的转色更为有利，且色泽浓艳。
金鱼变色：金鱼从孵化到成鱼体色变化详谈